Ende der 90er Jahre entwickelten Freunde in einem Pub im Dorf Hirwaun einen gewagten Plan: Wales, das seit über einem Jahrhundert keine legale Whiskydestillerie mehr hatte, wieder auf die Whiskykarte zu setzen. Im Jahr 2000 wurde ein bemerkenswerter kupferner Still installiert — entworfen von Dr. David Faraday — der in einer einzigen Destillation eine Reinheit von etwa 92 Prozent erreicht und damit einen leichteren, fruchtigeren Geist liefert als die klassische doppelte Destillation.
Whiskychemiker Dr. Jim Swan erkannte sofort das Potenzial dieses besonderen Geistes und wurde Penderyns erster Master Distiller. Swan entschied sich für die Reifung in Madeirafässern, eine Kombination, die sich zu Penderyns unverwechselbarem Stil entwickelte. Am St. David's Day 2004 wurde die erste Flasche lanciert, mit Prinz Charles dabei — der offizielle Beweis, dass die walisische Whiskytradition nach mehr als hundert Jahren wieder zum Leben erweckt wurde.