En 1897, John MacDougall a enregistré sa distillerie dans le minuscule village de Hooglandendorp Tomatin — un endroit où à l'époque, personne ne vivait, ce qui a conduit la distillerie à construire dès le départ un quartier résidentiel pour son personnel. Après la Seconde Guerre mondiale, Tomatin a connu une croissance sans précédent : en 1974, le site comptait 23 alambics et était la plus grande distillerie de whisky de malt au monde.
En février 1986, Tomatin est devenue la première distillerie écossaise entièrement entre les mains japonaises, achetée par Takara Shuzo et Okura & Co. Depuis 2002, l'accent est de nouveau mis sur le single malt plutôt que sur la production de masse pour les blends, et depuis 2016, Tomatin se positionne délibérément comme 'le côté plus doux des Highlands' : léger, doux et fruité, sans la fumée de nombreux autres whiskies écossais.