À la fin des années 90, des amis dans un pub du village de Hirwaun ont conçu un plan audacieux : remettre le pays de Galles sur la carte du whisky, après plus d'un siècle sans distillerie de whisky légale. En 2000, un remarquable alambic en cuivre a été installé — conçu par le Dr. David Faraday — qui atteint une pureté d'environ 92 % en une seule distillation, produisant ainsi un spiritueux plus léger et fruité que la distillation double classique.
Le chimiste du whisky, Dr. Jim Swan, a immédiatement reconnu le potentiel de ce spiritueux particulier et est devenu le premier maître distillateur de Penderyn. Swan a opté pour un vieillissement en fûts de Madère, une combinaison qui est devenue le style maison reconnaissable de Penderyn. Le jour de la Saint-David en 2004, la première bouteille a été lancée, avec le prince Charles présent — la preuve officielle que la tradition du whisky gallois avait été ravivée après plus d'un siècle.