Eind jaren '90 bedachten vrienden in een pub in het dorpje Hirwaun een gewaagd plan: Wales, dat al meer dan een eeuw geen legale whiskydistilleerderij meer had, weer op de whiskykaart zetten. In 2000 werd een opmerkelijke koperen still geïnstalleerd — ontworpen door Dr. David Faraday — die in één enkele destillatie een zuiverheid van circa 92 procent haalt en daarmee een lichtere, fruitigere spirit oplevert dan de klassieke dubbele destillatie.
Whiskychemicus Dr. Jim Swan herkende meteen het potentieel van deze bijzondere spirit en werd Penderyns eerste meesterdistilleerder. Swan koos voor rijping op Madeiravaten, een combinatie die uitgroeide tot Penderyns herkenbare huisstijl. Op Sint-David's Day 2004 werd de eerste fles gelanceerd, met prins Charles erbij — het officiële bewijs dat de Welshe whiskytraditie na meer dan honderd jaar weer tot leven was gewekt.