In 1897 registreerde de lokale John MacDougall zijn distilleerderij in het piepkleine Hooglandendorp Tomatin — een plek waar destijds simpelweg niemand woonde, waardoor de distilleerderij vanaf de start een eigen woonwijk voor haar personeel bouwde. Na de Tweede Wereldoorlog groeide Tomatin uit tot een ongekende schaal: in 1974 telde de site 23 stills en was het de grootste moutwhiskydistilleerderij ter wereld.
In februari 1986 werd Tomatin de eerste Schotse distilleerderij die volledig in Japanse handen kwam, gekocht door Takara Shuzo en Okura & Co. Sinds 2002 ligt de focus weer op single malt in plaats van massaproductie voor blends, en sinds 2016 profileert Tomatin zich bewust als 'de zachtere kant van de Hooglanden': licht, zacht en fruitig, zonder de rokerigheid van veel andere Schotse whisky's.